相對於證券交易所而言，OTC主要有以下幾個特點：
（1）交易分散性。此類交易市場活動不是由一個或少數幾個統一的機構來組織，而是由很多各自獨立經營的證券公司分別進行的。因此，這些交易活動分散於各家證券公司，而無一個集中的交易場所。證券公司即是櫃臺市場的組織者，又是直接參與者。他們通過參加市場交易來組織市場活動，為有價證券提供或創造轉讓市場。
（2）交易的直接性。在櫃臺市場上，絕大數交易都是在投資人和證券公司之間進行的。證券的實際出售人將證券賣給證券公司。實際購買人從證券公司買入證券。通過證券公司的自營買賣，有價證券的轉讓得以在投資人之間實現。
（3）交易的協議性。櫃臺交易是行下的證券轉讓，是在證券公司和投資人之間協商議價的過程中進行的。每筆交易的參與雙方都是證券公司和一個投資人，櫃臺交易市場上的每筆證券轉讓價格，一般都是由證券公司報出，根據投資者是否能夠接受並進行協商調整而形成的。
OTC方式與撮合方式的差異主要表現在：一是信用基礎不同，OTC方式以交易雙方的信用為基礎，由交易雙方自行承擔信用風險，需要建立雙邊授信後才可進行交易，而撮合方式中各交易主體均以中國外匯交易中心為交易對手方，交易中心集中承擔了市場交易者的信用風險；二是價格形成機製不同，OTC方式由交易雙方協商確定價格，而撮合方式通過計算機撮合成交形成交易價格；三是清算安排不同，OTC方式由交易雙方自行安排資金清算，而撮合方式由中國外匯交易中心負責集中清算。
